Twin ring u Motegiju jedina je staza u kalendaru na kojoj Marquez nije još osvojio Pole position. Na prvim treninzima su se na vrhu poredale tri Yamahe među koje se ugurao i Marquez ali na kvalifikacijama je tvrdnja iz prve rečenice opovrgnuta. Morbidelli i Quartararo radili su mu društvo u prvom redu, odmah iza njih kvalificirao se Vinales a Rossi je jedva uspio doći do desetog startnog mjesta. Bilo je zadnjih nekoliko mjeseci turbulentno u Yamahi, promjene su se događale u managementu sportskog odjela, nešto se pokrenulo i svi se nadamo da će se konačno pojaviti motor koji će konkurirati za naslov ali pitanje je hoće li Rossi to dočekati s one strane grida. Situacija je još gora za Lorenza koji osim što se nije našao s Hondom ima i problema s ozljedama, u zadnjim je izjavama otvoreno tražio angažman u Yamahi jer vidi da mu je to zadnja šansa da nešto napravi. S druge strane Honda je angažirala Zarca da zamjeni Nakagamija na zadnje tri utrke sezone, vjerojatno obje strane žele ispitati teren prije konkretnih razgovora o ugovoru.
Već nakon dva kruga utrke u Japanu Marquezova prednost bila je više od sekunde, isto kao i Quartararova pred trećeplasiranim Millerom. Pratili su ih Morbidelli, Dovizioso, Vinales, Cruthlow, Petrucci… Rossi je nakon desetog startnog mjesta u tom trenutku bio 13.
Na pola utrke nije bilo većih promjena, vodila se borba za treće mjesto između Morbidellija, Dovija i Vinalesa. S njima je u grupi bio i Miller koji je praktično u jednom krugu pao s trećeg na šesto mjesto i više nije mogao pratiti tako da su u završnicu ušli redom Dovizioso, Vinales pa Morbidelli.
Kao i većinu utrka ove sezone, Vinales se budi u drugom dijelu a sve je bolji kako se približava kraj utrke. Tako je bio i ovaj put kada je napao Doviziosa za treće mjesto i bio očito brži ali Ducatijeva snaga nije dozvoljavala prolaz. Učestale probleme sa gripom i prebrzom potrošnjom gume Rossi je okrunio padom četiri kruga prije kraja.
Dovizioso i Vinales su u svojoj borbi nekako sustigli Quartarara. Dovi se približio ali tek u zadnjem krugu kada više nije bilo dovoljno vremena niti za pokušaj napada. Marquez je i u Japanu potvrdio svoju nadmoć, Quartararo je završio drugi a Dovizioso treći. Nastavak je za tjedan dana na australskom Phillip Islandu.
